Perkembangan pendidikan nasional mulai akhir abad XX dan di awal abad XXI ini mengalami perubahan orientasi yang cukup mendasar. Perubahan itu, diantaranya dipengaruhi oleh pola pikir masyarakat menengah Indonesia yang sudah memiliki kepedulian terhadap pendidikan anak-anak mereka. Jika sebelumnya mereka berpandangan bahwa "yang terpenting anak-anak kita bersekolah", maka pada beberapa dasa warsa terakhir, mereka menyatakan : "anak-anak kita harus mendapatkan sekolah bermutu."
Berawal dari kenyataan yang demikian, terlebih adanya faktor penting lain yakni; lulusan SD AL-MADINA yang memerlukan sekolah khusus, agar lulusannya tetap memiliki unggul ilmu dan budi. Ditambah Sumber Daya Manusia (SDM) sebagai pendidik dan tenaga kependidikan yang melimpah, karena Universitas Sains Al-Qur'an (UNSIQ) Jawa Tengah di Wonosobo, meluluskan 700-900 sarjana setiap tahunnya, dengan berbagai program studi yang menjadi kompetensinya. Maka kami menyadari pentingya Pendidikan Islam Unggulan Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama, untuk membantu generasi bangsa usia SMP yang ingin mengembangkan potensi, bakat, minat mereka dalam menimba SAINS (Ilmu dan Teknologi) yang berlandaskan Budi Qur’ani ditengah krisis moralitas dan intelektual pelajar pada remaja kita.
Selanjutnya Yayasan AL-MADINA yang telah memper-oleh kepercayaan masyarakat dari keberadaan SD Al-Madina, yang tahun demi tahun kuantitas dan kualitas siswanya terus meningkat. Maka, menjawab berbagai saran wali murid sebagai pengguna, didukung stake holders pendidikan yang ada di kabupaten Wonosobo, bahkan akademisi UNSIQ dan tokoh masyarakat, serta ulama' dan pengusaha, perlu mendirikan SMP AL-MADINA untuk melahirkan dan mengorbitkan generasi cinta amal, berwawasan global, berkarakter Al-Qur'an. Dan melalui sebuah lembaga pendidikan yang diberi nama SMP AL-MADINA ini juga, kami bermaksud memberikan sumbangsih nyata, agar ke depan bangsa Indonesia yang masyoritas Islam memiliki kemampuan daya saing tinggi terhadap bangsa-bangsa lain di dunia, dengan terciptanya generasi yang excellent on science and character, talk less do more.