Kebiasaan baik harus diterapkan pada anak. Di antaranya adalah membiasakan dan membentuk pola pikir perlunya belajar sepanjang hari. Yaitu dengan menerapkan konsep belajar 24 Jam (Full Day School), agar siswa dapat membiasakan membagi waktu untuk menggali ilmu pengetahuan (Learning To Know), melakukan ilmu yang telah diperoleh (Learning To Do), menerapakan dan mempraktikan dalam kehidupan sehari-hari untuk kemanfaatan manusaia (Learning To Life Together), dan berproses untuk menjadi insan sholeh/sholehah (Learning To Be). Di mana pembiasaan tersebut diperoleh dari perpaduan kurikulum pendidikan umum dengan kepesantrenan. Konsep dan model pendidikan inilah yang menjadi pembeda antara SMP Al-Madina Wonosobo dengan SMP lain.
Beberapa strategi yang digunakan SMP Al-Madina dalam mengelola pendidikan sekaligus sebagai model pembelajaran.